كنيسة السيدة العذراء الجديدة الشهيرة باسم مارجرجس
أنشأ هذه الكنيسة القمص عبد الملاك الأسيوطي رئيس الدير فى أواخر القرن 18 الميلادي بإمكانيات بسيطة. وفى سنة 1878 م ـ 1594 ش ـ بدأ القمص ميخائيل الأبوتيجي رئيس الدير في إنشاء كنيسة جديدة باسم السيدة العذراء، على أنقاض كنيسة مارجرجس ، وانتهى منها فى سنة 1880م. وأطلق على المذبح البحري اسم يوحنا المعمدان وعلى المذبح القبلي مارجرجس، على أساس أن المذبح الأوسط هو بالاسم الجديد للكنيسة وهو اسم السيدة العذراء. ولكن لأن اسم مارجرجس هو الذي كان سائدا على الألسن والدير كله باسم السيدة العذراء والكنيسة الأثرية باسم السيدة العذراء أيضا لذلك ساد اسم مارجرجس على الألسن حتى الآن..
ولحامل أيقونات هذه الكنيسة قصة عجيبة، كانت معروفة عند رهبان الدير، وذكرها المتنيح نيافة الأنبا غريغوريوس، مؤداها : أن بعض الحكام الأتراك جاءوا إلى الدير فأكرمهم الرهبان إكراما أذهلهم، وكتعبير عن امتنانهم وعدوا الرهبان باستصدار فرمان بموجبه يصير للدير ملكية 285 فداناً من الأرض المجاورة. وذهب الحُكام، وخشى الرهبان أن يهمل أمر الفرمان، فتحركت الحماسة والغيرة في قلب أحدهم ويدعى الراهب القس صليب بيّوحا الهوري، فذهب إلى استنبول ماشياً أو راجلاً للحصول على الفرمان، وقد نجح فعلاً فى الحصول على الفرمان. وفى طريقه مرّ ببلاد الشام. وكان يجمع تبرعات لبناء الكنيسة فقابله هناك رجل، فلما سأله الراهب أن يتبرع له بشئ للكنيسة أشاح بيده في وجهه فيبست كل ذراعه، فصرخ مستغيثاً بالراهب أن يصلى من أجله، ففعل، فعادت ذراع الرجل سليمة كما كانت فذهل وتبرع بحجاب للكنيسة. والناظر إلى الحجاب يجد في الجانب الأيسر من باب الهيكل الأوسط صورة القديس باسليوس الكبير، وفوقها كتبت هذه العبارة أنشا ( أنشئ ) هذا المحل في رياسة القمص ميخائيل الأبوتيجي. اذكر يارب المهتم بهذا الحجاب القسيس صليب الهورى الراهب.
صحن الكنيسة : وهو مصمم على نمط القرون الوسطى حيث أن النساء لهم مكان مخصص فى الدور الثاني بالكنيسة يطل على صحن الكنيسة. وفى الناحية الشرقية القبلية، خارج الكنيسة توجد المعمودية التى كانت مستخدمة لتعميد الأطفال إلى أن أنشئت كنيسة العذراء الجديدة سنة 1964م. وقد قام نيافة الحبر الجليل الأنبا ساويرس رئيس ديرنا العامر ـ أدام الله حياته ـ بتجديد هذه الكنيسة فى أواخر عام 1990 م بهمة ونشاط، وافتتحت بعد التجديد فى تذكار نياحة أبينا القديس القمص ميخائيل البحيري، حيث تم وضع رفاته فى مقصورة خاصة في صحن الكنيسة بحضور ثلاثة عشر أسقفاً من أحبار الكنيسة الأجلاء وذلك في 16 أمشير 1707 ش الموافق 23 فبراير 1991 م.