بعد اعتلاء صاحب القداسة و الغبطه البابا شنودة الثالث للكرسي المر قسي عام 1971م أرسل نيافة الحبر الجليل الأنبا أغاثون أسقف عام الكرازة في عام 1972م لإدارة الدير وكانت نقلة حضارية في تاريخ الدير حيث حرص على تعميره رهبانياً وعلمياً وإدراياً وذاع صيت الدير وبدأ يزحف على يديه شباب أفاضل ترهبوا في الدير بتلمذته وتحت إرشاده. وقد رتب الرب، أن يختار أحد الشباب الغيورين على كنيستهم، الرهبنة في دير المحرق، فرسمه نيافة الأنبا أغاثون راهباً باسم بيشوي المحرقي سنة 1974 م ثم نال نعمة الكهنوت في عام 1975م، وعين وكيلا للدير، إلى أن قام قداسة البابا شنودة الثالث برسامته خوري إبسكوبوس في عيد العنصرة سنة 1977م وتقلد مهام الإدارة والقيادة الروحية. ولمحبة الآباء وتقديرهم له ذكّوه لدرجة الأسقفية، فسيم أسقفاً للدير والقرى المجاورة في عيد العنصرة سنة 1985م .والأعمال التي أنجزها هى شاهدة على محبته وتفانيه في خدمة الدير ورهبانه ويكفي أن ننطق هنا بأروع كلمات الابتهال التي ترددها الكنيسة دائماً لأجل رعاتها الأبرار إلى الرب مخلصنا يسوع المسيح له المجد: أن يحفظ حياة حبيبنا الأنبا ساويرس سنين عدّة وأزمنة سلامية عديدة، مكملاً رئاسته ورعايته للدير ـ الذي أئتمنه الرب عليه ـ بطهارة وبر وسلام، كإرادته المقدسة الطوباوية. وأن ينعم عليه بالسلامة والعافية ويذل أعداءه ويسحقهم تحت قدميه سريعاً. ببركة شفاعة والدة الإله العذراء مريم صاحبة الدير والسؤالات والطلبات التى يرفعها عنا رؤساء الملائكة وكل الطغمات السمائية ورؤساء الآباء، والأنبياء، والآباء الرسل والشهداء ومصاف لباس الصليب والأبرار والصديقون. وأن ينعم الرب لنا، بغفران خطايانا وخلاص نفوسنا آمين